پیگیری های به عمل آمده نشان داد یکی از روحانیون اصلاح طلب که تاثیرات زیادی بر نوه امام داشته در انتخابات گذشته موتور محرکه میرحسین موسوی درقم بوده ‌است. 

سراج الدین موسوی که دفتر حضرت امام در قم زیر نظر وی اداره می شود کسی است که در جریان انتخابات اخیر دفتر خود را در اختیار میرحسین موسوی قرار داده ‌بود و در اغتشاشات پس از انتخابات مسئله هماهنگی علمای قم با موسوی را شخصاً بر عهده داشت. 

وی همچنین برای حمایت از موسوی هماهنگی‌هایی با مجمع محققین و مدرسین و آیت ا... صانعی انجام می‌داده‌است. 

سراج الدین موسوی در مجمع روحانیون مبارز نیز عنصری قوی و صاحب نفوذ به حساب می‌آید. وی موسساتی را در پاکستان اداره‌ می‌کند که به شکل واضحی تفاوت بین خط امام و خط رهبری را ترویج می‌کنند. 

طبق شواهد موجود سراج از ابتدا با آقای منتظری روابط خوبی داشته و این روابط حتی وقتی که وی مسئول حفاظت امام(ره) و نزدیک‌ترین دوست حاج احمدخمینی(ره) بوده، با خللی مواجه نشده‌است. دو سال پیش نیز نسبت فامیلی سراج و آقای منتظری باعث هرچه محکم‌تر شدن روابط آنان شده‌است. اخیرا نیز دختر سراج همسر پسری هادی هاشمی (نوه آقای منتظری) شده‌است. 

سراج در سالهای اخیر واسطه تنظیم روابط بیت امام(ره) و آقای منتظری نیز بوده‌است. تلاشهای وی در این خصوص باعث شده در چند سال اخیر هیئتی از سوی آقای منتظری در مراسم ارتحال امام و سالگرد حاج احمدآقا شرکت کند. 

گفتنی‌است،سراج الدین موسوی در مقطعی سرپرستی کمیته انقلاب اسلامی را به عهده داشته‌است.وی مدتی قبل از پیروزی انقلاب با افرادی مثل دکتر هادی، محمد منتظری، شیخ حسن ابراهیمی در حوزه پاکستان فعالیت داشته است. او پس از رحلت امام(ره)به اصرار احمدآقا به عنوان رئیس خانه فرهنگ پاکستان (کراچی) به این کشور سفر می‌کند و در ایام ریاست جمهوری خاتمی هم سفیر ایران در پاکستان شد.
موسوی به تازگی مجمع محققین و مدرسین حوزه علمیه قم را به شدت فعال کرده و همین کار نقش بسیار پررنگی در معترض کردن برخی علما و ایجاد تشنج در فضای حوزه های علمیه داشته است.