آخرین اختلاف خاتمی با موسوی و کروبی مربوط می شود به راه پیمائی 22 و 25 خرداد که خاتمی صراحتاً با برگزاری راه پیمائی مخالفت کرده بود و موسوی و کروبی را تهدید کرد در صورت برگزاری چنین مراسمی طی بیانیه ای راه خود را از این دو جدا می کند.
 
موسوی و بعد از او کروبی پذیرفتند که باید مطالبات خود را از طرق مدنی دنبال کنند و به خیابان کشیدن مردم، هزینه های زیادی برای طرفداران خود دارد. از اینرو روز گذشته موسوی در بیانیه ای رسماً با عقب نشینی از کف خیابان ها، منشور جدیدی برای رفتار های اپوزیسیون قانونی و مدنی تدوین و ارائه کرد.
 
به این ترتیب خاتمی که تا به امروز نسبت به رفتار کروبی و موسوی انتقاد داشت، پس از به کرسی نشاندن حرف خود رسماً وارد بازی شد.
 
وی که تا پیش از این از عنوان جنبش سبز و یا صراحتاً تقلب اسم نبرده بود در سالگرد راه پیمائی 25 خرداد در میان جمعی از جوانان اصلاح طلب به بیان مطالبات جنبش سبز پرداخت و پس از ماه ها در نقش رهبری سبزها وارد شد و سخنان ساختار شکنانه به زبان آورد. اگر چه بسیاری از آگاهان سیاسی معتقدند که یکی از نقاط ضعف خاتمی، ترس وی است و بدون شک او با اولین واکنش نظام به سخنانش، عقب نشینی می کند و مجدداً به لاک خود فرو می رود.
 
در همین رابطه خاتمی در دیدار با اعضای شورای مرکزی سازمان جوانان و دانشگاهیان حزب اعتماد ملی با اشاره به راه پیمائی طرفداران موسوی برای اعتراض به نتایج انتخابات در 25 خرداد 88 گفت: 25خرداد روز بزرگی است، چرا که این روز نسبتی با انتخاب و انتخابات دارد.
 
به گفته خاتمی 25 خرداد یکی از روزهای با شکوه حضور خود جوش انبوه مردم در عرصه، با مدنی‌ترین شیوه‌ای که ما بتوانیم آن را تصور کنیم است و نشانه رشد کشور ماست که با کمال آرامش، بدون تنش و بدون سازماندهی این جمعیت به صحنه آمد و حضور رشیدانه خود را اعلام کرد.

وی در ادامه اظهار داشت: در روز 25 خرداد می‌شد از این موقعیت استفاده کرد و ایران و جمهوری اسلامی را وارد فضای تازه‌ای کرد که با حضور و محوریت مردم و اعتماد به آنها بتوانیم به سوی قله‌های پیشرفت حرکت کنبم که متأسفانه اینگونه نشد و برخوردهای نامناسبی صورت گرفت که ما هنوز هم داریم تاوان این مسأله را می‌دهیم.