برخی اخبار نشان می دهد اخیراً اختلافاتی شدید میان حزب مشارکت و سازمان مجاهدین و ستاد انتخاباتی میرحسین موسوی رخ داده است. به دنبال ارتباط های جدید ایجاد شده میان موسوی و گروه های تندرو جبهه اصلاحات ستادهای خاتمی سعی داشتند به طور کامل به تشکیلات موسوی لشکرکشی کرده و عملاً اختیار آنها را به دست بگیرند. به همین دلیل صفدرحسینی مسئول کمیته استان های ستاد خاتمی مسئولیت امور استان های ستاد موسوی را - پس از مدتی کش و قوس با بهزادیان نژاد- برعهده گرفت و بخش دانشجویی ستاد موسوی نیز به طور کامل به سازمان مجاهدین واگذار شد.

علاوه بر این اعضای مشارکت و مجاهدین قصد داشتند با این استدلال که روسای ستادهای استانی موسوی «به درد این کار نمی خورند» معدودی از آنها را عزل و مهره های مورد نظر خود را به جای آنها بنشانند. این اتفاق در مواردی رخ داده و در موارد دیگری هم که امکان عزل فرد مورد نظر وجود نداشته افراطیون تلاش کرده اند یک «قائم مقام» به ستاد مورد نظر تحمیل کنند تا رئیس ستاد تبدیل به یک جایگاه تشریفاتی شود و قائم مقام مورد نظر آنها کارها را به دست بگیرد. از جمله در تهران رایزنی هایی صورت گرفته است که داوود سلیمانی از اعضای شورای مرکزی حزب مشارکت به عنوان قائم مقام نجفقلی حبیبی منصوب شود. تمامی این اقدامات با اطلاع موسوی صورت گرفته و وی از بهزادیان نژاد خواسته است با این تغییرات همراهی کند.

با این وجود اخیراً اخباری دریافت شده که نشان می دهد ستاد موسوی حاضر به خلع ید کامل از خود و سپردن همه کارها به سازمان و مشارکت نیست و در چند مورد هم درگیری های لفظی شدیدی میان اعضای سازمان که قصد فرستادن برخی نیروها به ستاد موسوی را داشته اند با مسئولان ستاد وی رخ داده است.

اخیراً و پس از تکرار چند باره این اتفاق ظاهراً این تصمیم اتخاذ شده است که مشارکت و سازمان دیگر برای حضور مستقیم در ستادهای موسوی تلاش نکنند و به طور موازی به کارهای مورد نظر خود بپردازند. برای ایجاد حداقل هماهنگی ها تصمیم بر این شده است که موسوی لاری وزیر کشور خاتمی ساختاری به نام «کمیته ائتلافی» بوجود بیاورد و روابط این گروه ها با ستاد خاتمی صرفاً از کانال آن تنظیم شود و این گروه ها از ارتباط گیری مستقیم معاف باشند.