آخرین اختلاف خاتمی با موسوی و کروبی مربوط می شود به راه پیمائی 22 و 25 خرداد که خاتمی صراحتاً با برگزاری راه پیمائی مخالفت کرده بود و موسوی و کروبی را تهدید کرد در صورت برگزاری چنین مراسمی طی بیانیه ای راه خود را از این دو جدا می کند.
 
موسوی و بعد از او کروبی پذیرفتند که باید مطالبات خود را از طرق مدنی دنبال کنند و به خیابان کشیدن مردم، هزینه های زیادی برای طرفداران خود دارد. از اینرو روز گذشته موسوی در بیانیه ای رسماً با عقب نشینی از کف خیابان ها، منشور جدیدی برای رفتار های اپوزیسیون قانونی و مدنی تدوین و ارائه کرد.
 
به این ترتیب خاتمی که تا به امروز نسبت به رفتار کروبی و موسوی انتقاد داشت، پس از به کرسی نشاندن حرف خود رسماً وارد بازی شد.
 
وی که تا پیش از این از عنوان جنبش سبز و یا صراحتاً تقلب اسم نبرده بود در سالگرد راه پیمائی 25 خرداد در میان جمعی از جوانان اصلاح طلب به بیان مطالبات جنبش سبز پرداخت و پس از ماه ها در نقش رهبری سبزها وارد شد و سخنان ساختار شکنانه به زبان آورد. اگر چه بسیاری از آگاهان سیاسی معتقدند که یکی از نقاط ضعف خاتمی، ترس وی است و بدون شک او با اولین واکنش نظام به سخنانش، عقب نشینی می کند و مجدداً به لاک خود فرو می رود.
 
در همین رابطه خاتمی در دیدار با اعضای شورای مرکزی سازمان جوانان و دانشگاهیان حزب اعتماد ملی با اشاره به راه پیمائی طرفداران موسوی برای اعتراض به نتایج انتخابات در 25 خرداد 88 گفت: 25خرداد روز بزرگی است، چرا که این روز نسبتی با انتخاب و انتخابات دارد.
 
به گفته خاتمی 25 خرداد یکی از روزهای با شکوه حضور خود جوش انبوه مردم در عرصه، با مدنی‌ترین شیوه‌ای که ما بتوانیم آن را تصور کنیم است و نشانه رشد کشور ماست که با کمال آرامش، بدون تنش و بدون سازماندهی این جمعیت به صحنه آمد و حضور رشیدانه خود را اعلام کرد.

وی در ادامه اظهار داشت: در روز 25 خرداد می‌شد از این موقعیت استفاده کرد و ایران و جمهوری اسلامی را وارد فضای تازه‌ای کرد که با حضور و محوریت مردم و اعتماد به آنها بتوانیم به سوی قله‌های پیشرفت حرکت کنبم که متأسفانه اینگونه نشد و برخوردهای نامناسبی صورت گرفت که ما هنوز هم داریم تاوان این مسأله را می‌دهیم.

محمدرضا حسین‌نژاد عصر امروز در آیین بزرگداشت شهادت طلایه‌داران آفتاب و حزب موتلفه اظهار داشت: قبلا حکم دستگیری سران فتنه صادر شده بود، لیکن به خاطر موج‌سواری‌ها این موضوع به تاخیر افتاد.
وی افزود: کارهایی که آنان طی این مدت انجام دادند و جامعه را ملتهب و آرمان‌های شهدا را زیرپا گذاشتند، دستگیری آنان را ضروری می‌سازد.
حسین‌نژاد همچنین طرح عفاف و حجاب را از طرح‌های خوبی عنوان کرد که جامعه امروز نیازمند اجرای این طرح است.
وی گفت: واقعا در برخی از محیط‌ها به سبب وجود بدحجابی‌ها نمی‌شود حرکت کرد.
این نماینده اصولگرای مجلس در پاسخ به سوالی در خصوص وحدت نیروهای اصولگرا اظهار داشت: وحدت در بین نیروهای اصولگرا وجود دارد، البته اگر کدورت‌هایی نیز وجود دارد، می‌شود آنها را منسجم‌تر کرد.
وی در زمینه تغییرات در مدیریت ارشد استان نیز افزود: تا زمانی که این موضوع به قطعیت نرسیده نباید رسانه‌ای شود.
حسین‌نژاد با انتقاد از یکی از روزنامه‌ها و سایت‌ها در این خصوص بیان داشت: در این مورد نیز این رسانه‌ها با ما تماس گرفته و سوال کردند که ما در پاسخ اعلام کردیم که اطلاعی نداریم و این سایت و روزنامه دقیقا این صحبت را منعکس کردند، مگر می‌شود به عنوان نماینده مجلس در این زمینه بی‌اطلاع بود.
وی تصریح کرد: ما صرفا خواستیم تا این موضوع قبل از آنکه به قطعیت نرسیده، رسانه‌ای نشود.
نماینده مردم شیروان در مجلس شورای اسلامی همچنین وجود تحریم‌ها علیه نظام جمهوری اسلامی را به نفع نظام و کشور دانست و گفت: این تحریم‌ها اگر وجود نداشت ما به سمت خودکفایی و استقلال نمی‌رفتیم.
وی ادامه داد: این تحریم‌ها برای استقلال و خودکفایی ما بسیار موثر خواهد بود.
حسین‌نژاد با بیان اینکه تحریم‌ها علیه نظام جمهوری اسلامی نمی‌تواند کشور ما را محدود کند، خاطرنشان کرد: باید از این فرصت‌های طلایی برای خودکفایی بیشتر کشور بهره بجوییم.
دبیر حزب موتلفه اسلامی خراسان شمالی هم در این نشست خردادماه را ماهی ویژه در طول ماه‌های سال عنوان کرد که شیرینی‌ها و تلخی‌های مختلفی را در خود جای داده است.
علی احمدنیا با بیان اینکه در این ماه قیام 15 خرداد 42، شهادت فداییان اسلام و حزب موتلفه را داریم، اظهار داشت: این شهدای بزرگوار در شرایطی که کشور را خفقان از سوی رژیم شاهنشاهی گرفته بود، به صحنه آمده و می‌خواستند تا این خفقان را بشکنند تا در پرتو آن انقلابیون در این عرصه بیشتر وارد شوند.
وی اعدام انقلابی حسنعلی منصور را در این راستا عنوان کرد و گفت: شهدای حزب موتلفه پس از دستگیری و دادگاهی شدن، تا آخرین لحظه از آرمان‌های خود عقب نشینی نکرده و سرانجام شربت شهادت نوشیدند.
احمدنیا خاطرنشان کرد: اقدامات شهدای حزب موتلفه باعث شد تا رعب و وحشتی در دل رژیم ایجاد شده و آنان احساس خطر کنند.

دامنه این اختلافات به حدی است که طی هفته‌های اخیر این مجمع برای تشکیل یک نشست به حد نصاب کافی نرسیده است. 

خاتمی در تازه‌ترین واکنش‌ به عملکرد این مجمع گفته است که در صورت ادامه این روند وی فعالیت‌های خود را در بنیاد باران متمرکز می‌کند.

پیش از این هم خاتمی به عنوان رئیس شورای سیاستگذاری مجمع، اعتقاد داشت نباید در سالگرد 22 خرداد بحث های بی حاصل انتخابات سال قبل و ادعاهای غیرقابل اثبات مانند تقلب در انتخابات را مطرح و مجدداً فضا را امنیتی و متشنج کرد.

اما برخی عناصر افراطی مجمع برخلاف خاتمی معتقد به تکرار حوادث ماه های پس از انتخابات بوده و توصیه می کنند که از برخوردها نباید بترسیم و به فضای اعتراض در جامعه باید دامن بزنیم تا نظام وادار به امتیازدهی شود. آنها فعالیت های جنبش سبز در سال گذشته را مثبت ارزیابی کرده و گفته اند این جنبش مانند ماری است که خفته ولی هنوز نمرده و هر وقت اراده کنیم می توانیم آن را وارد صحنه کرده و ضربه شست نشان دهیم.

لازم به ذکر است برخی اختلافات میان خاتمی و مجمع باعث شده است وی بر فعالیت های خود در بنیاد باران متمرکز شود.